Sinopse: O Japão é secretamente controlado por um grupo tirânico de ninjas chamado Shinogara. Seu melhor assassino é um homem chamado Hayate Kanuma, cujo pai lidera o Shinogara. Hayate, no entanto, sabe que o controle da sociedade secreta sobre o Japão está errado. Sacrificando sua própria segurança, Hayate mata seu pai. Agora ele está fugindo, quase a salvo de seus ex-companheiros vingativos, exceto talvez pelo único esconderijo que ele decide: sua irmã. Depois de possivelmente ser mortalmente ferido, Hayate é capaz de transferir sua alma para o corpo de sua irmã, compartilhando-o temporariamente com ela. Sua irmã, Shiori, pode despertar Hayate e invocar suas habilidades ninja quando os Shinogara estão por perto, mas cada vez que ela o faz, um pouco mais de seu verdadeiro eu se perde. Esse arranjo não pode durar para sempre, então como Hayate finalmente derrotará os Shinogara?