Sinopse: Ao bater da meia-noite, a Hora Negra aparece – uma hora secreta que a maioria desconhece. Aqueles que não estão presos em caixões durante esse período, com a infelicidade de ficarem conscientes, são recebidos por criaturas perigosas conhecidas como Sombras. Alguns poucos selecionados, no entanto, possuem o potencial para exercer a Persona: um poder especial usado para derrotar esses seres. Este grupo secreto é chamado SEES (Esquadrão Especializado de Execução Extracurricular), e sua missão é descobrir a razão por trás do aparecimento da Hora Negra. Pouco tempo depois do estudante transferido Makoto Yuuki começar sua residência no Dormitório Iwatodai, sua Persona desperta após um ataque de uma forte Sombra. Agora recrutado para as fileiras do SEES, ele começa a lutar ao lado de seus camaradas, pois somente eles podem proteger a humanidade das Sombras e prevenir a anomalia que é a Hora Negra.